Un aspecto clave de la investigación genética desde el plano policial estriba en las garantías de legalidad sobre las pruebas. La aplicación de la Ley de Protección de Datos de Carácter Personal obliga al Departamento vasco de Interior a hacer pública la existencia de bases de datos especiales, entre las que se incluye la correspondiente al ADN, aunque eso sí, sin desvelar su contenido.
Según el informe hecho público en 2007 por Interior, la Ertzaina cuenta con la denominada «base de datos de investigación genética» en la que se recogen todas las informaciones conseguidas por los agentes en sus indagaciones, así como las evidencias obtenidas en seguimientos y vigilancias de sospechosos -cuando la Ertzaintza ejerce de Policía judicial- y restos obtenidos con la autorización de los procesados, todo perfectamente documentado y clasificado. Existe otro banco de datos genéticos dedicado a la 'necroidentificación', es decir, a aquellos cadáveres que no han podido ser identificados, pero cuyas huellas se conservan para futuras investigaciones.
El primero de estos archivos, en cualquier caso, no se refiere sólo a terrorismo, sino que incluye todo tipo de delitos: desde violaciones hasta robos. El gran avance para la investigación policial con ADN en España se produjo en noviembre de 2007, cuando el Ministerio de Interior puso en marcha una recomendación de la comisión que investigo el atentado del 11-M, satisfaciendo al mismo tiempo una reclamación del Congreso para lograr una mayor coordinación en este campo. A partir de ese momento se fusionaron las bases de datos del Cuerpo Nacional de Policía y la Guardia Civil, donde existían 45.000 perfiles genéticos: 6.000 de sospechosos ya identificados y 39.000 recogidos en escenarios de delitos, pero sin que se hubiera podido adjudicarles un nombre. Este enorme archivo se puso además a disposición de la Ertzaintza y los Mossos d'Esquadra.
