Jon Anza fue visto por última vez el pasado 18 de abril en la estación ferroviaria de Bayona. Su compañera le ayudó a montar en un tren con destino a Toulouse, pero no se quedó hasta su salida a las 7.00 horas. El 24 de abril no se presentó a una cita hospitalaria en Burdeos para hacerse unas pruebas sobre la evolución de un cáncer del que había sido operado meses atrás.
El 15 de mayo la abogada Maritxu Paulus-Basurco denunció la desaparición ante la Fiscalía de Bayona, que tres días después abrió una investigación preliminar encomendada a la Policía Judicial de la capital labortana. El 20 de mayo el diario 'Gara' publicó un comunicado de ETA en el que asumía la militancia de Anza y revelaba que el 18 de abril no se había presentado a una cita clandestina en Toulouse para hacer entrega de una cantidad de dinero.
Además de responsabilizar de la desaparición a los gobiernos de Madrid y París, ETA señalaba que su militante sufre la pérdida casi total de la visión como consecuencia de su grave dolencia. Además aseguraba que su condición de 'legal' era conocida por la Policía pues sus huellas se encontraban en un zulo con material informático descubierto a comienzos de año sin dar a conocer el hallazgo a la opinión pública.
Ese mismo 20 de mayo, a raíz de la difusión del comunicado de ETA, la Fiscalía de París abrió una investigación preliminar sobre Anza por asociación de malhechores y financiación del terrorismo. Esta vertiente del caso fue puesta en manos de la Subdirección Antiterrorista (SDAT) de la Dirección Central de la Policía Judicial.
El 16 de junio el ministro del Interior subrayó que «ETA nunca ha denunciado a un militante suyo, ni ha dicho que iba a una cita ni ha dicho que llevaba dinero». «La pregunta que se hacen las FSE es por qué ETA nos dice el nombre de uno de sus militantes, nos añade una información suplementaria de que iba a una cita a Francia y nos habla después de dinero. La respuesta es que, probablemente, no le importará mucho que le persigamos», añadió Alfredo Pérez Rubalcaba.
La investigación emprendida en Bayona no proporcionó indicios sobre el paradero del desaparecido. Se verificó que no se habían producido movimientos en su cuenta bancaria, que no había hecho uso de la tarjeta sanitaria y que no había adquirido billetes de avión, al menos a su nombre. Tampoco dieron resultado las comprobaciones en centros sanitarios, compañías telefónicas y el sistema de videovigilancia de las estaciones de ferrocarril entre Bayona y Toulouse. Los viajeros habituales del trayecto, que fue rastreado hasta en helicóptero, fueron interrogados sin éxito.
La investigación en Francia entra entonces en un callejón sin salida. A comienzos del pasado mes de febrero el juez de la Audiencia Nacional Fernando Andreu decide abrir una investigación en España sobre la desaparición de Jon Anza a instancias de la Fiscalía de Bayona. Ahora su cadáver ha aparecido en una morgue de un hospital de Toulouse, en la que llevaba diez meses olvidado y sin identificar.
