A juicio del Partido Popular, el cese del secretario de Estado de Investigación «confirma el fracaso» del Ministerio de Ciencia. El portavoz del PP en la Comisión parlamentaria de Ciencia e Innovación, Gabriel Elorriaga, subrayó que el cese de Carlos Martínez Alonso llegue un año y medio después de su nombramiento y censuró que «en apenas 18 meses», el departamento que dirige Cristina Garmendia ha sufrido «el mayor recorte en el gasto en I+D+i de los Presupuestos Generales del Estado del que se tiene tiene memoria».
Asimismo, Elorriaga hizo alusión a «las sucesivas reorganizaciones internas y a los gravísimos problemas de gestión del Ministerio». En su opinión, «es evidente que no ha conseguido arrancar en su funcionamiento», e hizo mención a la futura Ley de Ciencia , pendiente de aprobación por parte del Ejecutivo.
Respecto a la decisión de situar en el cargo al actual director general de Universidades del Ministerio de Educación, Felipe Pétriz, el portavoz del PP consideró «reveladora la incapacidad del Ministerio para gestionar la universidad. Parece -continuó- que existe una tensión entre el mundo de la investigación pública y la investigación universitaria».
