Un asunto conflictivo, según desvela Pedro Miguel Lamet en su libro sobre el general jesuita, fue el caso del etarra Ignacio Sarasqueta, que iba a ser ejecutado por el Gobierno del general Franco. Sarasqueta acompañaba a Txabi Etxebarrieta cuando éste descerrajó cinco tiros a bocajarro al guadia civil José Pardines en una carretera de Villabona. Arrupe envió un telegrama al jefe del Estado en el que pedía clemencia para evitar que fuera fusilado -la condena a muerte sería luego conmutada-, un gesto que fue criticado en determinados sectores por considerarlo una «intromisión en política». Sin embargo, y según relatan sus biógrafos, el padre Arrupe se negó a recibir en Roma a una delegación de líderes de ETA.
Cara a cara con Franco
En 1970, con motivo de su viaje a España, Arrupe mantuvo una entrevista de 65 minutos con el dictador, en la que aprovechó la oportunidad para denunciar algunas actuaciones policiales acompañadas de torturas.
Arrupe sufrió en propia persona la amenaza terrorista. En 1978, la Policía italiana puso escolta al general durante varios meses -tanto en sus desplazamientos como en la sede de Borgo Santo Spírito- después de que los carabinieri se incautaran de una lista de las Brigadas Rojas en la que figuraban los próximos atentados de la organización y el jesuita vasco aparecía en cabeza.








