Tras el acuerdo con la Fundación Sabino Arana, los documentos del Gobierno vasco en el exilio están repartidos en dos frentes. Una parte se encuentra en el Archivo Histórico Nacional de Salamanca; la otra, en Irargi, el Centro de Patrimonio Documental de Bergara.
Lo entregado por la Fundación Sabino Arana es un fondo «rico y de una gran entidad», según el informe elaborado por el anterior Gobierno vasco. Se trata de unas 780 cajas que ocupan unos 97 metros lineales y que conservan documentación de todos los departamentos del Ejecutivo presidido por José Antonio Agirre.
En muchos casos se trata de cartas personales que dirigentes como Jesús María Leizaola o Juan de Ajuriaguerra mantuvieron con sus colaboradores durante los años del exilio, así como, por ejemplo, documentación sobre los 'niños de la guerra' que habían tenido que salir de Euskadi con destino a Inglaterra o Francia. De hecho, la mayoría de los textos se refiere al periodo comprendido entre 1936 y 1940. También existen informes relacionados con las delegaciones en el exterior.
Además, los investigadores han hallado correspondencia del lehendakari Agirre con otros cargos y líderes políticos españoles. En este apartado destaca la mantenida con el presidente de la Generalitat catalana, Lluis Companys. A todo esto hay que sumar informes relativos a la defensa de Bilbao o a la situación de los presos durante la contienda bélica.
El material ahora en manos del Gobierno vasco se refiere, asimismo, a las relaciones que mantuvo el Ejecutivo de Agirre con las autoridades aliadas en plena contienda mundial
Pero también sirve para comprobar los problemas de abastecimiento o intendencia que sufría el Ejecutivo autónomo durante los primeros años del exilio. Los historiadores consideran que la documentación es una auténtica «joya».
