Si el nivel de alerta del sistema inmunológico desciende comienzan a aparecer problemas, como las infecciones, que serán de un tipo u otro según la estirpe celular o mecanismo de defensa afectado. Cuando resultan afectados los leucocitos o alguno de sus mecanismos de ataque se aprecia una incapacidad para limitar los procesos infecciosos, es decir, falla la formación de una barrera celular en los tejidos y no se produce la inflamación necesaria también para combatir la enfermedad. Así, cualquier infección que se produzca tiende a diseminarse con rapidez.

Sin embargo, si la estirpe celular afectada son los linfocitos, fallarán los mecanismos de ataque rápido y de memoria inmunológica. Cuando la respuesta limitada es la celular se produce una gran indefensión frente a infecciones difíciles de localizar por las características del germen, como sucede con los virus. Si la respuesta afectada es la humoral, o sea, la fabricación de anticuerpos, fallará la memoria inmunológica y ello dificultará, además el trabajo de todo el sistema de defensa, desde las primeras líneas - mucosas y piel- hasta los sistemas internos de control de seguridad.

Los síntomas clínicos de un proceso de inmunodeficiencia son muy diversos y dependen de la gravedad del fallo. Se observará una mayor presencia de procesos infecciosos comunes, especialmente respiratorios u otorrinolaringológicos, coincidiendo además con los 'picos' epidemiológicos de presentación de esas enfermedades. Por otro lado, esos procesos tienden a evolucionar de forma más lenta o con un mayor número de complicaciones. Así, algunas infecciones provocadas por microorganismos que tienden a camuflarse como sucede con virus o parásitos se cronifican con facilidad.