Como cualquier otra técnica, la laparoscopia también presenta algunas limitaciones, sobre todo cuando lo que se necesita es una exploración con visión directa o se prevé que la operación vaya a ser compleja.

En la decisión no sólo se valoran aspectos propios del paciente, como el tipo de enfermedad que sufre, su estado físico o posibles complicaciones que se pueden dar durante y después de la intervención, sino también de la propia técnica. Es importante contar con los medios adecuados, pero también debe valorarse la experiencia. A veces es ésta la que determina que se opte por una técnica u otra.

Las complicaciones de la cirugía laparoscópica suelen derivar de la introducción de instrumentos dentro del organismo o de la necesidad de inyectar gases o líquidos para distender una determinada cavidad. Ese aire puede ocasionar problemas durante el propio acto quirúrgico, como sucede en las intervenciones abdominales, por el efecto de presión que ejerce en estructuras cercanas, como el pulmón o sistemas venosos y arteriales.

Puede ocurrir también que después de una intervención laparoscópica sea preciso recurrir a una cirugía abierta, especialmente cuando se presenta alguna complicación o fracasa la primera. Por otro lado, aunque esta técnica sea menos agresiva, no está exenta de molestias, muchas veces relacionadas con la manipulación que hay que hacer. A veces también la necesidad de recurrir a la inyección de gases o líquidos provoca un efecto irritante, o puede ocurrir que éstos sean absorbidos y con ello producir cambios significativos en el medio interno, como sucede cuando se emplea CO2.